Essa área da farmácia é destinada à manipulação de cápsulas gelatinosas duras, pós e saches, além do fracionamento de cápsulas gelatinosas moles. Consiste numa área separada fisicamente das demais, composta por capela de exaustão, encapsuladoras e armários para a guarda das substâncias e materiais de embalagens. A manipulação de cápsulas é executada por um técnico habilitado com experiência, sob a supervisão do farmacêutico.
Consiste na área destinada à manipulação das bases galênicas, emulsões (cremes e loções), géis, pomadas, xaropes, suspensões, soluções auxiliares e cosméticos. É equipada com bancada de fácil limpeza e higienização, vidrarias, gral e pistilo, termômetros e utensílios necessários à manipulação dessas diversas formas farmacêuticas. A manipulação é executada por um técnico habilitado, experiente, sob a supervisão do farmacêutico.
É nesse laboratório que são realizados os testes necessários à verificação dos padrões de qualidade de todas as matérias-primas recebidas. Também são realizados o controle em processo, que consiste na verificação da qualidade da formulação pronta, os testes de prazo de validade e estabilidade dos medicamentos manipulados e o desenvolvimento de novas formulações. Todos os procedimentos realizados no Laboratório de Controle de Qualidade são realizados pelo farmacêutico.
É o local destinado ao armazenamento das matérias-primas e embalagens após a aprovação nos testes realizados pelo farmacêutico no Controle de Qualidade. O ambiente tem, diariamente, sua temperatura e umidade controlados com o objetivo de manter a integridade das substâncias, que são ordenadas de modo a facilitar a localização e o rastreamento de cada produto.